问题缘起
带研究生用 Shiny 开发的智能文献分析app准备在腾讯云服务器上部署，遇到了不少问题，现将问题解决过程记录如下，以作备忘。
解决过程
将app 目录下的所有文件上传到服务器 srv/shiny-server/lsa
目录下，打开页面出现如下报错信息：
An error has occurred
The application failed to start.
The application exited during initialization.
Error in load(name, envir = .GlobalEnv) :
bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded
Calls: sys.load.image -> load
In addition: Warning message:
file ‘.RData’ has magic number 'RDX3'
Use of save versions prior to 2 is deprecated
Execution halted
根据报错信息，在 [stackoverflow]() 网站上查到一条一模一样的求助提问，遗憾的是没有人回复。然后去 rstudio 的官网查找 shiny-server 部署指南。根据 Why does my app work locally, but not on my Shiny Server? 一文的介绍，分析出错原因可能有三方面：一是 云服务器上 Rstudio server 安装的R包与本地电脑运行环境不同（少安装或版本号不同）；二是开发的app中文件地址使用的是绝对地址而非相对地址，会造成文件加载错误；三是文件的读写出现了问题。
先从第一种可能入手，检查app代码，是否要加载的R包在 Rstudio server 上都有安装。发现有一些R包没有安装，在逐一安装过程中，haven 包始终安装不上，报错信息如下：
Error: package or namespace load failed for ‘haven’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/R/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/haven/libs/haven.so':
/home/R/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/haven/libs/haven.so:undefined symbol: libiconv
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/R/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/haven’
Warning in install.packages :
installation of package ‘haven’ had non-zero exit status
在网上查找了一番，都没有找到正确的解决办法，去 haven 在CRAN 上发布的网址搜索话题，发现：https://github.com/tidyverse/haven/issues/363 给出了最佳解决办法，在 Rstudio server 的控制台，输入以下代码：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS = "-liconv"), install.packages("haven"), assignment = "+=")
这样 haven 包就安装好了，之后再安装 rio 包也告成功。
类似的，在 Rstudio server 上升级 readxl 包也有同样的报错，相应的解决方法类似，输入以下代码：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS = "-liconv"), install.packages("readxl"), assignment = "+=")
readxl 包的升级安装也告成功。
进一步对照开发的 shiny app 源代码加载的R包，逐一检查是否有遗漏未安装的情况。突然发现，app 最需要的 bibliometrix 包没有安装。在腾讯云服务器的 rstudio server 中发现该包有一个依赖 cowplot 必须运行在 R3.5 版本上。由于腾讯云服务器上的 rstudio server 在2017年4月安装，版本是3.4.3，必须要对服务器上的 R升级才能安装 cowplot 包和 bibliometrix 包。这样一来，问题转变为怎样升级云服务器上的R基本程序及用户定义的包。
经在网上搜索，发现：Ubuntu 更新R版本 一文最具启发性和适用性，参考此文建议，在腾讯云服务器上升级R基本程序及用户定义包的步骤如下：
步骤1：修改 sources.list 文件
首先，修改 /etc/apt/sources.list 文件，使得R基本程序的下载顺利。腾讯云服务器上安装的操作系统是 UBUNTU 16.04LTS，对应的UBUNTU系统代号是 Xenial 在该文件最后一行增加以下代码：
# Edit /etc/apt/sources.list and add the line appropriate to your distribution of Ubuntu.
# 如果是 UBUNTU 18.04LTS 则加上下一行
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
# 如果是 UBUNTU 16.04LTS 则加上下一行
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
# 如果是 UBUNTU 14.04LTS 则加上下一行
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/
在修改完 sources.list 文件后，记得保存。
步骤2：删除已安装的 r-base r-base-core r-base-dev 文件
如果之前有安装 R 基本程序，需要删除后再安装，输入以下代码：
sudo apt-get --purge remove r-base
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
上面代码中，注意不要使用 autoremove 命令来删除原有程序，因为 purge remove autoremove 三个命令使用的情境有区别。
步骤3：安装新的 r-base r-base-core r-base-dev 文件
在控制台输入以下指令
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-dev
输入以上指令后，如有提问，全部都是 Y 回车，很快，最新的R3.6.1（2019-7-29）版装好了。
在控制台输入 R 就可以进入 R 的编程环境并看到 R 的版本号。
步骤4：升级用户定义 R 包
如果之前在服务器上已安装了很多用户定义 R 包，现在要在新版本上安装会有些麻烦: 原因有二，一是新旧版本的用户定义R包安装目录不一样；二是有一部分新旧版本R包不兼容，如果不升级旧版本R包，就无法用在新版本的R中。
经搜索，有两种方法可应对：一是更改腾讯云服务器上 Rstudio-server 的默认库路径，见：关于在Rstudio-server中直接在公用库中安装和使用R包 一文。这种方式下的代码如下：
# 设置R默认的库路径方式如下
#.libPaths(c("/cluster/apps/R/3.5.1/lib64/R/library", .libPaths()))
# R包会默认安装到第一个路径下
# .libPaths()
# [1] "/cluster/apps/R/3.5.1/lib64/R/library"
# "/cluster/home/jlu/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.5.1"
# [3] "/usr/local/lib64/R/library"
# 直接替换库的路径方式如下
# .libPaths("/cluster/apps/R/3.5.1/lib64/R/library")
# .libPaths()
# [1] "/cluster/apps/R/3.5.1/lib64/R/library" #只保留公共库
不过，这种方法有风险，万一更改库路径后还是不正常运行，浪费时间与精力；二是编写代码在服务器上批量自动安装R包，可以借鉴：服务器上批量安装本地R包 和 一个从CRAN上批量下载R包的函数 ，参考代码如下
# packages=c("tidyverse","data.table","devtools","shiny","shinydashboard")
# ipak <- function(pkg){
# new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
# if (length(new.pkg))
# install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE)
# sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
# }
# ipak(packages)
在 rstudio server 上安装R包时还遇到以下问题，在UBUNTU 16.04LTS 中，R包 magick 的安装代码如下：
sudo add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libmagick++-dev
注意：这不是在 rstudio server 控制台输入，而是在 UBUNTU 控制台输入。
整个安装完成后，重启服务器，打开 https://ip:3838/lsa 即可看到成功运行的 shiny app 了。
补充一些资料作为以后备查：
