Rstudio server installation in Ubuntu16.04LTS on Tencent cloud environment

缘起

在本地电脑上跑一些比较费时间的R脚本程序,由于一直占用机时,会影响电脑的其他使用。为此,考虑在腾讯云服务器上安装 Rstudio server,以便能够在云服务器上运行R程序,方便随时随地查看程序运行结果。

安装过程

在腾讯云服务器上,选择操作系统为 Ubuntu 16.04 LTS,安装 Rstudio server。注意:首先安装R,再去安装 Rstudio server,后者是前者的集成开发环境(IDE),方便数据分析人员编写脚本程序、调试代码、显示运行结果。 整个安装分为以下2大步骤6小步骤:

步骤1:安装基础的R包

1.1 首先在 root 用户权限下输入以下命令

sudo vi /etc/apt/sources.list 

上述命令是通过ubuntu自带的vi编辑器,对指定目录下的sources.list文件进行修改。

1.2 其次,按下“i”,进入编辑状态,在文件的最后一行输入:

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/ 

上述选择的是清华大学CRAN镜像地址

说明:ubuntu16.04 LTS的代号为xenial,以上路径是清华大学的ubuntu16操作系统下R语言的镜像源 参考网址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/

修改完毕后,按下“esc”退出编辑状态,并输入”:wq”,退出并保存,会提示文件修改信息。

1.3 接下来在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-dev

1.4 最后,在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

R

进入R环境,输入 version,查看安装的版本号。

步骤2:安装 Rstudio server

详细的英文安装说明,请访问:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

2.1 首先,在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

说明:上述安装的Rstudio server版本号:1.2.1335,Released: 2019-04-08

2.2 其次,安装完毕后,在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo adduser wujun # (设置登录到Rstudio server的用户名) 

之后要求输入密码时,请输入方便记忆的6位密码。

一般而言,公有云服务商提供的云服务器8787端口默认没有对外开放,需要到云服务器控制台,找到安全组,对导入设置安全策略,添加开放8787端口 此时打开地址 http://ip:8787 前面的ip是个人申请的腾讯云主机地址,8787是rstudio server访问的端口地址 输入用户名和密码,即可登录Rstudio server

步骤3:配置 Rstudio server

登录进入Rstudio server后,我们不难发现:Rstudio server的界面和使用与在本地个人终端使用Rstudio没有多少差异。在正式使用Rstudio server开展数据分析工作之前,我们还需要做几方面配置,使其运行更方便。

3.1 中文字符乱码问题的消除

腾讯云主机服务器上安装的ubuntu 16.04LTS 是英文操作系统,没有安装必要的中文字符集和字库,如果不配置,绘图中遇到中文就会有乱码。在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

  locale -a   #如果没有zh_CN.UTF-8的中文locale ,需要安装 zh_CN.UTF-8

在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo locale-gen zh_CN.UTF-8    #设置中文字符环境

在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo apt-get install language-pack-zh-hans   #安装中文语言包

在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo  apt-get  install xfonts-wqy    #安装好字体渲染包

完成上述步骤后,如果Rstudio server在运行,restart a new session;如果没有运行,可以在云服务器主机管理控制台直接重启服务器主机,重启后在Rstudio server中,用ggplot2画图中文显示正常

3.2 一些非CRAN下载源但又很重要的R包下载

由于CRAN对R包的管控很严格,使得一些R包作者不愿花费时间在测试上,而将开发的R包直接放在github上,为方便使用这些R包,我们需要安装devtools工具软件。

在ubuntu操作系统的shell界面(有$标志的界面)输入以下命令:

sudo apt-get install libgdal-dev

之后在Rstudio server中查看是否安装了devtools包,如果没有就在Rstudio server中直接install

#  以安装recharts 包为例
library(devtools)
install_github("madlogos/recharts")

3.3:Ubuntu下R包XML安装报错问题的解决

Ubuntu下R包XML直接在RStudio server中安装,不成功,报错:installation of package xml had non-zero exit status

解决办法:首先在Terminal中安装libxml2- dev,输入命令:

sudo apt-get install libxml2-dev

然后在RStudio server中安装XML package

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Wu, Jun
Associate professor

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